공정대표의무는 "교섭대표노동조합과 사용자는 교섭창구 단일화 절차에 참여한 노동조합 또는 그 조합원 간에 합리적 이유없이 차별을 하여서는 안된다"(노조법 제29조의4)고 규정하여 공정대표의무를 명시하고 있습니다. 창구 단일화의 결과로는 실제 교섭에 참여를 못하는 노조를 차별하여 일방의 노조만을 유리하게 처우하거나 일방의 노조만을 불리하게 처우하는 것을 방지하기 위하여 공정대표의무를 인정하고 있습니다.

교섭대표노조와 사용자가 공정대표의무를 위반하고 노조간 차별을 하였다면 그 행위가 있은 날로부터 3개월 이내에 노동위원회로 시정신청을 하여야 합니다. 차별행위가 단체협약 그 자체라면 단체협약의 체결일로부터 3개월 이내에 시정신청을 해야 합니다. (3개월은 제척기간으로 이를 도과하여 신청하면 노동위원회는 각하판정을 합니다.) 

신청의 주체와 관련하여 창구단일화 절차에 참여하지 않은 노조의 경우는 절차상(또는 단체협약) 차별여부가 문제가 되지 않으므로 시정신청에 대한 당사자적격이 부정되어 각하됩니다. (개별 노조원은 시정신청의 주체가 될 수 없으며, 노조만 신청가능)

노조간의 차별적 대우가 합리적인 것인지는 공정대표의무를 위반하였는지 여부로 판단하게 됩니다. 차별이라는 것은 무조건 금지되는 절대적 평등이 아닌 합리적인 이유가 있으면 차별이 허용되는 상대적 평등을 의미하기 때문입니다. 

공정대표의무의 위반에 대한 판단은 구체적 정황과 사정을 고려하여 종합적으로 판단하여야 하고, 필요한 경우에는 단체협약의 각 조항마다 차별인지 여부를 판단할 수 있습니다.

노조간 차별에 대한 지방노동위원회의 결정에 불복하는 경우, 판정서를 받은 날로부터 10일 이내 중앙노동위원회로 재심을 신청할 수 있으며, 중앙노동위원회 판정에 불복하고자 할 경우에는, 판정서를 받은 날로부터 15일 이내 행정소송을 제기할 수 있습니다. 공정대표의무에서 가장 중요한 것은 소수노조를 보호하는데 있습니다. 이를 위반한 사용자나 교섭대표노조가 있을 경우,  창구단일화 절차에 참여한 노조는 공정대표의무 시정신청을 통하여 권리구제를 받으실 수 있습니다.